Os ascendentes do fundador já estavam ligados ao negócio de matérias-primas para o sector, pois foram encontrados vários documentos, cujo mais antigo é de 1753, em que apareciam membros da família com esse estatuto. Outro documento data de 1803, no reinado de D. Maria I. Nesse documento Balthazar Roiz Castanheiro é eleito “Juiz mais velho” da Irmandade de Nossa Senhora da Oliveira, Padroeira dos Confeiteiros.

A Confeitaria Nacional foi fundada em 1829 por Balthazar Roiz Castanheiro.
Em 1829, a população de Portugal (metrópole) pouco passava dos 3 milhões.
Vivia-se um período conturbado em Portugal – que se encontrava em plena Guerra Civil, travada entre liberais e absolutistas – em causa estava o respeito pelas regras de sucessão ao trono português.
Nada intimidou o jovem Balthazar que inaugurou um espaço que rapidamente se tornou um lugar de eleição das elites lisboetas.
A qualidade sempre demonstrada fez com que as distinções se fossem somando ao longo dos anos. Balthazar Roiz Castanheiro soube conquistar fama e reconhecimento durante 40 anos.

Livro de receitas escrito pelo fundador, datado de 15 de Julho de 1852

Ficou concluída a linha férrea de Lisboa ao Porto.
Mas quando a Confeitaria foi fundada, nem Mala-Posta existia. Tinha acabado entre Lisboa e Coimbra por ter dado prejuízo. Viajava-se de sege e liteira.

Só quando a Confeitaria Nacional tinha já 38 anos de existência, foi abolida a pena de morte em Portugal.

Após a morte de Balthazar Roiz Castanheiro, em 1869, o seu filho mais novo, Balthazar Castanheiro Júnior herdou a empresa. Balthazar Junior primou pela irreverência e pela inovaçã

Foi na Confeitaria Nacional que foram instalados os primeiros telefones de Lisboa, entre a sua fábrica e a Confeitaria. Mais tarde, depois de constituída a Companhia dos Telefones, foi entregue a essa Companhia a sua conservação e ainda hoje se mantém esse telefone privativo, com um número simbólico, sem ligação para a rede.

Em 1871 foi inaugurada na Confeitaria Nacional a iluminação a gás, do qual se gastaram em Setembro 373 m3 a 60 reis cada, fornecidos pela “Companhia Lisbonense d’Iluminação a Gaz”
Com o aluguer do contador (para 50 luzes), pagou-se nesse mês a “elevada” quantia de 22$980.

Logo em 1872, Balthazar Castanheiro Júnior fez com que a Confeitaria Nacional tivesse honras de primeira página no Jornal Diário Ilustrado, ao abrir um salão no primeiro andar, com tamanho requinte, que à época espantou os lisboetas. No jornal pode ler-se: “fundou um elegante salão, com gabinetes esplendidos (…) tudo denunciando um certo bom tom, que, em definitivo, tem ali atraído as primeiras famílias da capital, a quem não foi difícil compreender a utilidade de um estabelecimento que em Lisboa é único no seu género”.

Mas mais do que apenas o cuidado com o espaço, Balthazar Junior quis ver os produtos da Confeitaria Nacional reconhecidos. Em busca desse objectivo mandou vir de Paris e de Madrid mestres confeiteiros que melhoraram a qualidade das especialidades – tanto da doçaria, como das compotas e dos licores de fruta.

O prestígio conquistado entre os lisboetas levou a Confeitaria Nacional, em 1873, a pedir o estatuto de fornecedor da Casa Real Portuguesa, declarando ter “bom crédito e reputação comercial”. O estatuto foi-lhe concedido por alvará do Rei D. Luis I.

Balthazar Júnior foi percursor da Doçaria Romântica em Lisboa. Nos anos que se seguiram a Confeitaria Nacional conquistou diversos prémios em exposições internacionais internacionais (1873 Viena de Áustria; 1876 Filadélfia; 1878 Paris e 1884 Lisboa).

Nesta procura constante de inovação, foi também Balthazar Junior que trouxe de França a receita do afamado Bolo Rei. Assim a Confeitaria Nacional orgulha-se de ter introduzido o Bolo Rei em Portugal. A receita mantém-se inalterada até aos dias de hoje e apenas duas pessoas são detentoras do seu segredo – o proprietário actual e o pasteleiro mais antigo da Casa.

A quando do aparecimento dos primeiros carros em Portugal, já a Confeitaria Nacional tinha ultrapassado a respeitável idade dos sexagenários.

A Confeitaria atravessou na sua longa vida os reinados de D. Maria II, D. Pedro V, D. Luiz I, D. Carlos I e D. Manuel II – até à proclamação da Républica em 1910.

Ao longo do século XX, a Confeitaria Nacional continuou a singrar, graças à preferência dos lisboetas e ao engenho empresarial, que soube preservar práticas e saberes preciosos que só a experiência tornou possíveis.
Em 1913, Rafael Castanheiro Viana, o bisneto do fundador, assumiu o negócio, também com uma visão inovadora – querendo deste logo promover a Confeitaria Nacional nos meios publicitários e jornalísticos da época.

Informado das novas técnicas de publicidade, nos anos 40, Rafael Castanheiro Viana (bisneto do fundador), encomendou um novo logotipo estilizado, que marcou o seu período de gestão. Ainda hoje o logotipo da Confeitaria Nacional é baseado nesta versão dos anos 40.
Também em 1940, a Confeitaria Nacional viu reconhecida a sua importância pública para a história da cidade quando lhe foi entregue pelo Presidente da República Marechal Carmona, em sessão solene, o diploma de Casa Centenária da Associação Comercial de Lisboa. Ainda hoje é fornecedora da Presidência da República.

Distinguida pela CNN (…) Em vários cantos do mundo as pastelarias têm vindo a aperfeiçoar as suas criações de geração em geração – tornando-as obras de arte. Aqui estão nove das mais antigas pastelarias do mundo – testadas e comprovadas durante séculos por visitantes. (…) Confeitaria Nacional (Lisboa) É uma pastelaria cheia de detalhes e ornamentos, com paredes de cor creme, com acabamentos dourados e dominada por um teto espelhado. Abriu em 1829 num edifício de esquina, imponente na Praça da Figueira.